کلیه بخشها وافرادی که درچاپ مجله پژوهشنامه تاریخ تمدن اسلامی مشارکت دارند باید برطبق این منشوراخلاقی عمل کنند.
نویسنده و افراد فعال در نشریه (سردبیر مجله، اعضای هیئت تحریریه، مدیرداخلی ویراستار و ناشر) باید قوانین و منشور اخلاقی نشریه را قبول کرده و در آن به توافق رسیده باشند .منشور اخلاقی در COPE (کمیته اخلاق نشر) ، راهنمای نویسندگان و عوامل فعال در نشریات است. تصمیم‌گیری‌های نشر و چاپ،قوانین حق تکثیر و اقتباس از سایر آثار ادبی بایدتوسط نشریه رعایت شده و حق افراد در هنگام انتشار محفوظ باشد.
1. تصمیم‌گیری منصفانه درباره مقالات
تصمیم گیری درباره مقالات در هر مرحله بدون توجه به نژاد، جنسیت ، گرایش جنسی ، باورهای مذهبی ، قومی، شهروندی، و یا فلسفه سیاسی نویسندگان انجام شود.
2.محرمانه بودن اطلاعات
اطلاعات شخصی نویسندگان مقالات برای تمامی افرادی که به آن دسترسی دارند مانند سردبیر، اعضای هیات تحریریه و مدیر داخلی و اجرایی نشریه و سایر عوامل فعال (غیر از نویسنده مربوط) مانند داوران، مشاوران ، ویراستار و ناشر امانتدار باید کاملاً محرمانه بوده و در هرحال از آن محافظت شود.

3.رعایت منافع اشخاص
استفاده از نتایج تحقیقات سایرین باید با ارجاع دهی و اجازه کتبی و صریح از نویسنده انجام شود.

4.وظایف سردبیران وهیئت تحریریه

الف)توجه به اهداف اصلی مجله وتلاش برای رسیدن به آنها.
ب)انتخاب داوران باتوجه به تخصص ورشته دانشگاهی.
ج)ثبت وآرشیواسناد داوری مقالات.
د)پرهیز از هرنوع تبعیض (سن،جنس،ملیت،دین و...)در انتخاب داوران.
ه)توجه به تواناییهای علمی والتزام اخلاقی داوران.
و)ارزیابی ودقت درارسال نظرات داوران وسنجش صحت آنها.
ز)مشارکت جدی ومسئولانه اعضای هیئت تحریریه در جلسات تصمیم گیری.

5.وظایف داوران
الف)کمک به تصمیم گیری هیئت تحریریه.
داوران در بررسی کیفی، محتوایی و علمی مقالات، به سردبیر نشریه یاری رسانده و یا از طریق ارتباط اعضای تحریریه با نویسنده محترم به بهبود و ارتقاء کیفی و محتوایی مقالات کمک کنند.
ب)سرعت عمل
داوران انتخاب شده باید بعد از بررسی اولیه، بلافاصله سردبیر نشریه را در جریان نتیجه آن قرار دهند که شامل:
خودداری ازداوری مقاله به دلیل عدم تخصص در موضوع آن مقاله در حوزه کار داور، کمبود وقت یا...
داوری همراه با تآخیر به دلیل شلوغ بودن وقت، عدم دسترسی به امکانات کافی و...
ج) محرمانه بودن اطلاعات
کلیه اطلاعات موجود در مقالات باید برای داور محرمانه تلقی شده و داور در حفظ آن بکوشد.

د)داوری با ارائه مستندات و استدلال‌های علمی و شفاف.
داوری مقالات باید بر اساس مستندات علمی و استدلال کافی باشد و به روشنی بیان شود و این مدارک به نشریات و نویسندگان ارائه شود و از اعلام نظر سلیقه ای، شخصی ، نژادی و مذهبی و غیره در داوری مقالات خودداری کند.
ه)توجه به منابع استفاده شده در مقاله
توجه به منابع استفاده شده در مقاله از دیگر وظایف داوران است. کلیه تحقیقات، موضوعات و نقل قول هایی که در مقاله استفاده شده است بایدبا ارجاع دهی کامل در کتابنامه همراه باشد.
و)عدم داوری مقالات با مقاصد شخصی
داوران مقالاتی را که منافع اشخاص، موسسات و شرکت های خاصی به وسیله آن حاصل می شود و یا روابط شخصی در آن مشاهده می شود نبایدبرای داوری بپذیرند.
6.وظایف نویسندگان
الف)ارائه مقالات علمی و استاندارد.
نویسندگان مقالات را به صورت علمی و منسجم، مطابق استاندارد نشریات آماده کنند. روش به کار رفته در مقاله با دقت و عینی انجام گیرد و داده ها به صورت صحیح گزارش شود. از طریق ارجاع دهی کامل، حقوق سایر اشخاص در مقاله رعایت گردد. از طرح موضوعات حساسیت برانگیز و غیراخلاقی، سلیقه ای و شخصی، نژادی و مذهبی و اطلاعات جعلی و نادرست و ترجمه از آثار دیگران بدون ذکر عنوان در مقاله خودداری شود.
ب)ارائه داده های خام در صورت نیاز
از نویسنده خواسته شود در صورت نیاز داده های خام، مصاحبه‌ها و یا پرسشنامه ها و سایر ابزار به کار رفته در تحقیق را ارائه و معرفی نماید. دسترسی عمومی به این اطلاعات ( سازگار با بیانیه ALPSP –STM) به بهبود کار مقالات کمک می نماید.
ج)اصالت مقاله ارائه شده
مقالات ارائه شده توسط نویسندگان باید کار خود نویسنده ارائه کننده مقاله باشد و هر گونه استفاده از تحقیقات سایر افراد با ذکر منبع در مقاله آورده شود.
د)عدم عرضه و انتشارهمزمان یک مقاله و یا مقاله پذیرش و چاپ شده.
ارائه همزمان یک مقاله به چند نشریه و یا مقالات منتشر شده و یا پذیرش شده به سایر نشریات خلاف قوانین است.
ه)ذکر ارجاع‌دهی مناسب
ارجاع دهی شامل ذکر کلیه کتاب ها، نشریات و پایگاه های اینترنتی و سایر تحقیقات اشخاص در کتابنامه است.
و) ذکر فرد مسئول و همکاران در مقاله و دقت در عدم وجود اسامی غیرمرتبط.
فرد مسئول مقاله کسی است که در تهیه، آماده سازی، طراحی و اجرای مقاله سهم عمده را به عهده داشته است و سایر نویسندگان نیز به عنوان همکار در مقاله ذکر می شوند و نویسنده اصلی مقاله باید نسبت به وجود نام و اطلاعات تمامی نویسندگان و عدم وجود نامی غیر از نویسندگان مقاله اطمینان حاصل کند همچنین کلیه نویسندگان مقاله را مطالعه و نسبت به ارائه آن به توافق رسیده باشند
ز)اطلاع‌رسانی در خصوص وجود خطرات احتمالی برای انسان ها یا سایر موجودات زنده
هر گونه خطر که به واسطه تحقیق هر نویسنده، متوجه انسان ها و یا سایر موجودات می شود، می بایست به وضوح در مقاله ذکر شده باشد.
ح)ذکر پشتیبان‌های مالی
نویسندگان باید کلیه پشتیبان های مالی مقاله خود را نیز معرفی نمایند.
ط) اعلام وجود خطاهای اساسی در مقالات
هرگاه نویسنده متوجه خطا و بی‌دقتی در مقاله خود شود؛باید نشریه را از آن مطلع سازد و نسبت به اصلاح یا پس گرفتن آن اقدام کند.